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本重点站依托于国家林业局生态环境监测总站。
从我国建立第一个森林生态定位监测站开始，林业生态环境监测在我国已经有近50年的历史。1992年环发大会后，环境与发展问题成为国际社会关注的热点和焦点。生态环境建设也逐步成为中国林业发展的首要任务。为进一步了解和监测我国森林、湿地、荒漠生态环境的变化情况，原林业部决定成立林业生态环境监测总站，协调、指导和归口管理我国的林业生态环境监测工作。根据原林业部批文（林计批字[1996]51号），国家林业局（原林业部）生态环境监测总站是挂靠中国林科院的有关林业生态环境监测的机构。
三峡工程规模宏大，对生态环境的影响很多，涉及的范围广，动植物是川鄂山地生态系统中的中心环节。三峡库区的生物多样性丰富度极高，库区的珍稀濒危动植物特别是特产于库区的植物以及库区的古大树种是我国重要的自然资源和宝贵的历史遗产，对生物多样性保护具有重大意义。
三峡工程因土地淹没、移民开发和工程施工对库区动植物物种及珍稀特有种类造成一定影响，因此，对兴建三峡工程而引起的生态环境问题进行系统监测，对掌握水库蓄水前后三峡库区生态系统变化的时空规律具有重要意义。同时也为将来进行工程环境影响回顾评价，验证和复核评价结果，以及为库区的环境建设与监督管理提供依据。另外，根据监测过程中的实际情况，提出相应的的环境保护措施，以充分发挥工程的有利影响，减免不利影响，使库区受工程影响地区的生态系统呈良性循环，为三峡区域的生态环境建设和社会经济发展服务。
在上述基础上，国家林业局于1996年4月，正式决定由国家林业局（原林业部）生态环境监测总站承担三峡工程建设委员会组织协调、三峡工程开发总公司委托的“三峡库区陆生动植物监测子系统”的工作，即“三峡库区陆生动植物监测重点站”。国家林业局生态环境监测总站在三峡水力建设委员会、国家林业局及长江三峡工程生态与环境监测中心的领导下，承担“三峡库区陆生动植物监测”子系统，领导和组建基层监测站点，对库区陆生陆生动植物进行了全方位的监测。
本重点站在国家林业局发展计划与资金管理司（原林业部计划司）和三峡办水库司（原三峡办技术与国际合作司）的领导下开展工作，因此，首先从组织上具有协调三峡库区陆生动植物监测所涉及的重庆库区和湖北库区的工作的便利条件；其次，比较充分地保证了配套经费的下达，有利于本重点站工作的开展和顺利实施。1996-2001年，国家林业局基本保证根据三峡委的精神对三峡项目按照1：1的比例的配套支持，使本重点站出色完成了预定任务。
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