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长江三峡工程生态与环境监测系统经过7年多的运行，取得了很大成绩，同时，在这几年的监测工作中也发现了一些问题，具体如下：
一、组织管理
重点站投入不足。部分监测要素、监测方法和监测对象未纳入经常性的监测范围。监测设施陈旧落后、缺乏配套、升级。现有的基础设施难以满足监测系统所应该达到的要求。部分台站工作环境相对较差，有待改善。示范工程的研究和监测投入不足。
监测系统应急监测能力相对较弱，不能对突发性的事故实施及时准确的监测。
重点站上报产品内容单一，缺乏针对性。目前各站上报产品为两类，一是整编后的观测资料集；二是季、年度综合分析报告。多数站点未开展监测项目对生态环境影响定量评估，缺少实时定期或不定期监测、预警或重大事件的评估分析产品，也缺少直接或间接对三峡库区生态环境保护、资源的可持续利用、有明显社会效益或经济效益的有针对性的分析报告。
监测系统管理上离“四制”（业主负责制、招标投标制、合同管理制和工程监理制）尚有距离。
二、技术层次
监测站网的时空密度以及监测项目的覆盖面不足以综合全面地反映库区生态环境变化情况。部分重点站存在监测要素监测项目少，频次低，监测数据不连续、时间、空间上的可比性不好等问题，较难反映库区生态环境质量的时空变化和真实情况，需进一步加大监测项目的时间系列和覆盖面。
观测手段及通讯条件落后。部分重点站的监测方式尚停留在手工瞬时采样阶段，所获得的监测数据随机性大、代表性不高，难以为科学计算服务。大多数重点站在信息采集、传输、处理及归档手段较为落后，没有完整的信息转输系统，缺乏实用的专用设备和软件，特别是区县的污染源信息，多数只能通过信件邮寄，极大地影响了重点站的工作效率。对监测数据的统计储存，综合分析应用差，传输慢，不能及时、准确有效的为环境管理部门提供信息。
监测要素缺乏统筹考虑。对某些监测要素缺乏统一安排和综合分析，存在缺项、重复以及不同步的现象，不利于监测要素的综合分析。水库蓄水后，一些监测要素将成为关键的主要因子，应对这些因子加强系统监测，重点在库区。一些监测要素的估算主要来自于企业申报数据的统计，缺乏准确性和可靠性的检验，需采取措施进一步核实。
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